进样口隔垫漏气是气相色谱的常见故障之一。有些仪器有自检功能以发现漏气，但是有些微小的漏气问题也是不能发现的，有些仪器就没有自检功能，漏气就是从查起了。曾经有初学者一夜之间漏完了一瓶氦气，而且质谱图上有一些含硅的离子峰。检查各个管路、连接阀均未发现问题，后才发现是进样口隔垫使用太久，中间竟然已经出现了透光孔，氦气就是从这里漏光的。此外，隔垫老化降解也会造成分析结果的干扰，比如隔垫碎屑就会掉进汽化室造成鬼峰的出现，就如上面所说的含硅的离子峰。